科研控制
《国家重点研发计划资金管理办法》配套实施细则（国科发资[2017]261号）规定，关于劳务费的预算编制：承担单位为事业单位的，在编人员工资不得编列劳务费；承担单位为企业的，除为课题实施专门聘用的人员外，其他在职人员工资不得编列劳务费；上述人员可以在课题间接费用的绩效支出中列支。同时，国家相关政策法规对科研及成果转化的税务要求也是非常严格的。具体解读如下：
一、审计控制
按照《中央财政科技计划项目（课题）结题审计指引》（2022年6月29日）要求，要加强对劳务性支出的审计：一是检查是否存在通过编造虚假劳务合同、虚构人员名单等方式虚报冒领劳务费和专家咨询费的情况。二是检查是否存在超范围列支的情况，如事业单位的在编人员工资、企业在职人员工资等。三是开支内容不符合预算科目具体支出范围，如在劳务费列支项目组成员中在职人员津补贴、助研人员奖学金、论文评审费，在专家咨询费中列支某某公司咨询费。四是列支发生在研究周期内，开支内容与预算相符，但与项目研究缺乏相关性的费用。五是项目承担单位收到资金时从该科目一次性列支大额劳务费，没有按月发放。
二、税务控制
1、关注重点：一是企业有大量的在职人员（企业在册员工）参与科研项目研究，可以将直接参与重点研发计划项目的研究人员工资薪金及“五险二金”等费用确认为重点研发计划课题的自筹资金投入，符合高新技术企业要求的，享受研发费用加计扣除所得税优惠。二是专利权属于单位的可以报销专利申请费，专利权属于个人的自己承担，单位不给报销；如果有科研项目，也可以从科研经费里报销；如果专利权使用医院资金报销专利申请费，任何个人无权转让。
2、控制重点：计算机软件等著作权转让的涉税问题。
一是个人专著转让，依据(财税2016年36号)个人转让专著免征增值税，依据个人所得税法正常缴纳个人所得税。二是企业专著转让，依据(财税2016年140号)，按3%缴纳增值税，按正常比例缴纳附加税、水利基金、企业所得税，按万分之五缴纳印花税。三是发放给科技人员的现金奖励，可减按50%计入科技人员当月薪金中依法纳税。四是免征只针对个人转让，企业不存在免征，一个专利单独属于个人才免税。五是依据(财税2018年58号)(自施行后3年内可享受此政策)要想免交增值税必须是将个人与企业分开，如果不分开必须交税。六是属于财政专项资金获得的专利产生的费用不能进行税前抵扣，只有企业或者个人资金产生的费用可以税前抵扣；个人不存在抵扣，不交企业所得税，只交个人所得税。
三、绩效控制
1、合理核定绩效工资总量。分配绩效工资时，要向承担国家科研任务较多、成效突出的科研人员倾斜。借鉴承担国家关键领域核心技术攻关任务科研人员年薪制的经验，探索对急需紧缺、业内认可、业绩突出的极少数高层次人才实行年薪制。
2、动态调整绩效工资水平。人力资源和社会保障厅、财政厅结合直属高校、科研院所的实际情况，特别是财政科研项目可用于支出人员绩效的间接费用等实际情况，动态调整其绩效工资水平和绩效工资总量。
3、落实科技成果转化奖励激励政策。各单位要落实《中华人民共和国促进科技成果转化法》和各《省、市、自治区促进科技成果转化条例》等相关规定，加快科技成果转化步伐。同时，强调科技成果转化现金奖励计入所在单位绩效工资总量，但不受核定的绩效工资总量限制，不作为核定下一年度绩效工资总量的基数，加大对科研人员激励力度。
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