关于专项债券资金管理使用的问题，一直以来是各有关部门关注的热点。2021年4月21日，财政部召开2021年一季度财政收支情况网上新闻发布会，会上提出，“加强专项债券管理，基于预算一体化管理系统，通过信息化手段对专项债券发行使用实行穿透式监管，及时掌握项目资金使用和建设进度等信息。”
关于“穿透式监管”的要求在《关于加快地方政府专项债券发行使用有关工作的通知》（财预〔2020〕94 号）中就有提出，文中提到，“要依托地方政府债务管理信息系统，对专项债券发行使用实行穿透式、全过程监控，动态监测地方财政、相关主管部门以及项目单位等各类参与主体，逐个环节跟踪进展，一级抓一级，层层压实相关主体责任，既要督促加快专项债券资金使用进度，尽快形成实物工作量，也要确保项目质量，提高债券资金使用绩效，决不能乱花钱。”
为切实加强专项债券资金管理，让专项债券资金使用的更加合法合规合理。各地区也探索了专项债券资金账户管理的具体内容，地方政府专项债券属于债券的范畴，同时也必须遵循债券的基本原则：
1. 专款专用原则
确保专项债券募集资金只用于债券信息披露文件所约定的项目，是《关于试点发展项目收益与融资自求平衡的地方政府专项债券品种的通知》（财预〔2017〕89号文的主要精神和基本要求。债券资金专款专用，也是审计、监督和检查的重要考察内容，并应以项目定期披露方式向债券投资者报告。
2. 规范管理原则
项目单位开设债券资金专户，并与专户银行签订规范的服务协议，可借助商业银行的专业经验和人力资源对债券资金的使用进行规范管理。同时，项目单位选择开户银行时也应采用规范的方式，提供了很好的参考依据。
3. 接受监管原则
专项债券属于地方政府债券，执行法定限额管理，纳入政府性基金预算，由财政部门办理发行兑付。《关于地方政府债券发行管理办法》财库〔2020〕43号文中第六条，地方财政部门应当在国务院批准的分地区限额内发行地方政府债券。新增债券、再融资债券、置换债券发行规模不得超过财政部下达的当年本地区对应类别的债券限额或发行规模上限。
4. 定期报告和披露原则
《关于地方政府债券发行管理办法》财库〔2020〕43号文中第十四条，地方政府债券到期前，地方财政部门应当按有关规定持续披露经济运行、财政收支、政府债务管理情况、跟踪评级报告以及可能影响债券偿还能力的重大事项等。专项债券还应当披露项目收益、对应的政府性基金或专项收入情况等。债券发行后确需调整债券资金用途的，地方财政部门应当按程序报批，经省级人民政府或省级人大常委会批准后及时披露相关信息。
在实际操作中地方政府专项债券资金账户遵循的思路：
专项债券项目涉及的所有资金均采取“封闭式”管理,专款专用，专项用于项目建设和运营。同一个项目单位发行两个或两个以上专项债券所募集的资金，应分别设立独立的债券资金专户。项目实施部门和运营单位应分别开立项目债券资金托管账户和偿债资金账户。项目建设阶段,政府专项债券资金托管账户专门用于政府专项债券募集资金的接收、存储及划转,不得用作其他用途。项目运营期间所有项目专项收入必须全部进入偿债资金账户,偿债资金账户专门用于项目专项收入及项目运营支出费用的接收、存储和划转,不得用作其他用途。
随着专项债券相关政策的进一步完善，监管手续、流程的进一步严格，可以预见，关于地方政府专项债券运营期的账户资金管理将是一个值得深入研究的课题。
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